O prazo máximo é de 24 meses. Para projetos de pesquisa, esse prazo pode ser estendido para até 36 meses.

Os projetos são avaliados com base na relevância da proposta, viabilidade técnica, impacto esperado na saúde, público-alvo e capacidade da instituição executora. Os critérios específicos são detalhados nos editais de cada programa.

Instituições de direito privado, associativas ou fundacionais, sem fins lucrativos, que atuem nas áreas dos programas e que possuam uma das seguintes qualificações: Entidade Beneficente de Assistência Social (CEBAS); Organização Social (OS); Organização da Sociedade Civil de Interesse Público (OSCIP); ou que comprovem Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde - CNES ativo e declaração emitida pelo gestor estadual ou municipal de saúde, que ateste que a instituição realiza atendimento direto, gratuito e regular no âmbito do SUS, na hipótese de projeto proposto para o Pronas/PCD e Pronon na área de atuação médico-assistencial.

Ao apresentar projetos, a instituição poderá simultaneamente solicitar sua Habiliatação junto ao Ministério da Saúde. O processo de apresentação de projetos é detalhado em um edital específico, publicado anualmente, que define o cronograma, os requisitos e a documentação necessária.