Este projeto tem como meta o desenvolvimento de painéis de biomarcadores celulares, moleculares e sistêmicos para CCU, CO e CM. Isso será feito por meio de análises moleculares de Células Tronco do Câncer (CTC) em CCU, análise da expressão gênica em larga escala por sequenciamento (RNAseq) e microarranjos a partir de RNA de micropartículas de CO e CM, e determinação dos níveis plasmáticos de citocinas, quimiocinas e fosfoproteínas pela caracterização da frequência e subpopulações de MPs circulantes. Essa abordagem permitirá o desenvolvimento de painéis de biomarcadores como instrumento preditivo de prognóstico e resposta clínica ao tratamento do CCU, CO e CM.

Isolar as CTCCU de tumores localmente avançados das pacientes incluídas no estudo;
Sequenciar o transcriptoma, através de sequenciamento de nova geração, as CTCCU das amostras tumorais;
Estabelecer um pipeline com programas de Bioinformática para análise e montagem do transcriptoma obtido por sequenciamento;
Correlacionar o transcriptoma das CTCCU das pacientes com progressão da doença, com o das pacientes que terão remissão completa;
Desenvolver um painel de biomarcadores de expressão gênica de CCU;
Determinar o perfil de citocinas, quimiocinas e fosfoproteínas plasmáticas em pacientes portadoras de CCU, CO e CM;
Caracterizar o perfil de micropartículas circulantes em pacientes portadoras de CCU, CO e CM;
Avaliar o perfil de expressão gênica por meio de microarranjos de pacientes com CM e CO a partir de RNA de micropartículas plasmáticas;
Correlacionar o perfil molecular (microarranjos) das pacientes com progressão da doença, com o das pacientes que terão remissão completa em cada tumor individualmente, CM e CO;
Desenvolver um painel de biomarcadores de expressão gênica (microarranjos) para CM e CO;
Correlacionar o perfil de citocinas, quimiocinas e fosfoproteínas e MPs com progressão da doença e resposta terapêutica;
Utilizar ferramentas de inteligência artificial para construir árvores de predição de painéis de biomarcadores que poderão ser utilizados para estabelecer o prognóstico clínico das pacientes e sua resposta terapêutica.

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