Investigar, em distintos cenários relacionados ao câncer (câncer de glândula salivar, câncer gástrico, câncer de pênis, câncer de reto, lesões pré-malignas de boca, mucosite e retite actínica), se alterações nos microbiomas associados a essas condições possuem relação com o desenvolvimento neoplásico, prognóstico, ou com respostas distintas frente ao tratamento radioquimioterápico, incluindo reações adversas. A escolha desses cenários provém de nossa hipótese de que estes tipos tumorais estão particularmente sujeitos às influências do microbioma, por serem superfícies mucosas expostas ao meio externo/digestivo, que oferece oportunidade de colonização por agentes diversos. Para atingir este objetivo utilizaremos modernas tecnologias de sequenciamento de DNA e de análise bioinformática e buscaremos validar nossos dados em bancos de dados internacionais (TCGA e SRA).

1. Caracterizar as populações bacterianas presentes em amostras de glândulas salivares com ou sem tumores, buscando compreender possíveis associações entre estes microorganismos e o desenvolvimento de câncer de glândulas salivares.
2. Caracterizar a diversidade bacteriana existente em amostras de suco gástrico de indivíduos com lesões pré-neoplásicas ou com câncer gástrico, comparados a indivíduos sem alterações clínicas relevantes.
3. Avaliar o microbioma de lesões neoplásicas de pênis, contrastando-o com amostras não neoplásicas.
4. Caracterizar a diversidade bacteriana existente em biópsias de indivíduos com adenocarcinoma de reto, comparados a biópsias de indivíduos livres de alterações clínicas relevantes.
5. Determinar as alterações da microflora da boca frente ao tratamento quimioradioterápico, de modo a indicar como estas populações são afetadas pelo tratamento e como as variações das mesmas pode influenciar o desenvolvimento de efeitos colaterais.
6. Investigar se as populações microbianas presentes na mucosa oral normal diferem das mucosas com lesões pré-malignas da boca e como estas populações flutuam até o desenvolvimento do câncer oral.
7. Avaliar temporalmente a diversidade bacteriana em biópsias de indivíduos com tumores de reto antes e após radioterapia, a fim de determinar se a radiação gera uma disbiose bacteriana e se esta disbiose estaria correlacionada com o desenvolvimento da retite actínica.
8. Investigar a presença de DNA ou RNA bacteriano em amostras tumorais usando dados públicos dos bancos SRA e GEO (GenBank) e TCGA por meio de análises computacionais, comparando e buscando validar in silico os achados obtidos dos objetivos anteriores.
9. Buscar validar os achados anteriores em amostras distintas das usadas na abordagem de seqüenciamento, utilizando anticorpos específicos ou assays de PCR em tempo real desenhados e selecionados conforme os achados que serão obtidos pelo sequenciamento dos genes 16S rRNA bacterianos.
10. Predizer por modelos matemáticos e comprovações experimentais a capacidade do perfil microbiano, determinado nos objetivos acima, ser capaz de auxiliar no diagnóstico, prognóstico e predição de resposta a tratamento e efeitos colaterais nos diversos tipos de câncer avaliados neste projeto.

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